Основными целями деятельности Филиала являются:
- сохранение водных биологических ресурсов (далее-водные биоресурсы) и среды их обитания;
- искусственное воспроизводство водных биоресурсов, в том числе особо ценных, ценных редких и находящихся под угрозой исчезновения видов водных биоресурсов;
- акклиматизация водных биоресурсов;
- рыбохозяйственная мелиорация;
- формирование, содержание, эксплуатация, учет ремонтно-маточных стад в том числе рыб-производителей;
- осуществление научных исследований, проведение испытаний, экспертиз, анализов и оценок для целей аквакультуры (рыбоводства;
- обеспечение государственного учета и государственного мониторинга водных биоресурсов.
Филиал в своей деятельности, по вопросам видов деятельности Филиала, определённых Положением о филиале, в субъектах Российской Федерации, являющихся зонами деятельности Филиала, взаимодействует с территориальными органами Учредителя, территориальными органами иных федеральных органов исполнительной власти, органами исполнительной и судебной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления и подведомственными Учредителю организациями.
Филиал при осуществлении своей деятельности руководствуется Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, нормативными правовыми актами Учредителя, иных федеральных органов исполнительной власти и их территориальных органов, международными договорами Российской Федерации в области рыболовства и сохранения водных биологических ресурсов, иными международными договорами Российской Федерации, Уставом ФГБУ «Главрыбвод», локальными нормативными актами ФГБУ «Главрыбвод» и Положением о филиале.
— Расчистка проток, устьев и русел рек от древесных завалов, кустарниковых и древесных зарослей.
Мероприятия по проведению данной мелиоративной работы направлены на удаление затопленной древесины, которая не разлагается и оказывает вредное влияние на водоем, засоряя его.
— Удаление водных растений из водного объекта, в том числе: уничтожение мягкой растительности с помощью бредня вручную.
Мягкая водная растительность в неглубоких озерах в летний период сильно разрастается, продуцируя большую биомассу. В зимний период большая часть водной растительности отмирает и перегнивает. При этом расходуется большое количество растворенного в воде кислорода и в озерах наступают заморные явления — гибель рыбы. Кроме того, создаются неблагоприятные условия для существования кормовых организмов. Для предотвращения заморов в водоемах производится уничтожение мягкой водной растительности в период открытой воды.
— Спасение молоди рыб из отшнурованных (потерявших гидравлическую связь с другими водоемами) водоемов путем прокопки каналов, канав и водоспусков с помощью лопат и других ручных инструментов.
Спасения молоди промысловых видов рыб из остаточных водоемов является частью работ по рыбохозяйственной мелиорации, проводимой с целью улучшения естественных условий воспроизводства рыбных запасов. Заливаемая весенним паводком пойма является нерестово — вырастной площадью для многих видов рыб. Со спадом половодья в предустьевые пространства рек скатывается молодь рыб, однако значительная ее часть остается в отшнурованных частях поймы, эти остаточные водоемы настолько мелеют или высыхают, что находящаяся в них молодь обречена на гибель, поэтому необходимо принимать меры для ее спасения.
— Очистка водных объектов рыбохозяйственного значения от мусора, а также брошенных сетей и иных бесхозяйных орудий лова.
Общеизвестно, что мусор, оставленный на берегу озера или реки (особенно в ее береговой полосе), негативно влияет как на эстетический вид, так и на экологическую обстановку в самом водоеме. Береговую полосу можно назвать пограничной зоной между сушей и водой, поэтому загрязнение береговой полосы водоемов (обычно она составляет 20 метров от кромки водной поверхности) крайне негативно влияет для обитателей водоемов. Мусор, оставленный в береговой полосе, в период половодья вымывается в водоем и загрязняет воду, губит прибрежные нерестилища, а дальше течениями разносится по водоему и отрицательно влияет на объекты питания рыб, тем самым нанося ущерб водным биологическим ресурсам. Все это приводит к уменьшению численности рыбного населения наших водоемов. В данных водоемах сосредоточено множество мест нагула молоди рыб, а брошенные сети приводят к гибели биологических ресурсов, негативно влияют на их воспроизводство.
Данные мероприятия позволяют усилить проточность водотоков, обеспечить прохождение рыб к местам нереста, улучшить состояние имеющихся нерестилищ и условия нагула рыб.